Skaistgiryje valdinė pradžios mokykla įsteigta 1910 m., tai pažymėta enciklopedijos 27 t., psl. 524. Kokiame pastate ji veikė, tiksliai nežinoma. Vietos gyventojų nutarimu, kad reikia atskiro pastato mokyklai iš J Buožiaus buvo nupirkta žemės ir pastatas pradėtas statyti 1913 m. (LCVA b. 1494).

Šiame pastate pradinių klasių mokiniai mokėsi iki 1997 m.

1946 m. K. Podėno nuosavame name pradėjo veikti septynmetė mokykla.
1952 m. išleista septynmetės mokyklos laida.
1953 m. įsteigta vidurinė mokykla.
1958 m. išleista pirmoji abiturientų laida.
1960 m. pradėtas statyti naujas vidurinės mokyklos pastatas, nes ligi tol 5–11 klasės mokėsi net keturiuose miestelio pastatuose.
1964 m. rugsėjo pirmąją mokiniai įžengė į naują mokyklą.
1977 m. pastatytas bendrabutis moksleiviams.
1997 m. bendrabučio patalpos pritaikytos klasėms. Į jas persikėlė pradinių klasių mokiniai.
1996–1998 m. įrengta kompiuterių klasė, aktų salė.
2001 m. mokykla renovuota.
2009–2010 m. mokykloje mokosi 380 mokinių. Dirba 40 mokytojų: 8 mokytojai metodininkai, 18 vyresniųjų mokytojų.

Mokyklos vadovai:

Pranas Rakštys 1946–1956 m.
Antanas Raupys 1956–1958 m.
Anatolijus Gvazdiovas 1958–1959 m.
Jonas Siminskas 1959–1960 m.
Vytautas Brendulis 1960–1978 m.
Romualda Drigotienė 1979–1980 m.
Edmundas Dičmonas 1980–1992 m.
Albina Bernotienė 1992–1996 m.
Vidmantas Sutinkas 1997–2000 m.
Petras Žuravlevas  2000–2013 m.
Edita Aukselienė nuo 2013 m.